Cillien trat erst nach 1945, mit über 50 Jahren, in die Politik ein. Es war ihm ein Anliegen, die konfessionelle Spaltung im politischen Leben zu überwinden. Wie seine Frau Alexis war er Mitgründer der CDU in Hannover. Als Vorsitzender der CDU in Niedersachsen gelang es ihm, das Vertrauen der Landesverbände Hannover, Braunschweig und Oldenburg zu gewinnen. Als Mann des Ausgleichs hat er wesentlichen Anteil an der schwierigen Festigung der Landespartei. Sein Hauptziel, DP und CDU zu vereinigen, hat er nicht mehr erlebt. Cillien gründete den EAK mit. Zusammen mit Gerhard Schröder gab er die „Evangelische Verantwortung“ heraus. Cillien verlieh den Protestanten Gewicht und Stimme in der CDU. Die Wahl von Hermann Ehlers zum Bundestagspräsidenten unterstützte er ebenso wie die von Ludwig Erhard zum Vizekanzler. Für Heinrich Krone war er in der Fraktionsführung eine starke Stütze, für Konrad Adenauer ein geschätzter Freund und Ratgeber.