Siemer geriet früh mit den NS-Machthabern in Konflikt. Im April 1935 wurde er inhaftiert und wegen „Devisenerschleichung“ zu einem Jahr und drei Monaten Gefängnis verurteilt, in der Berufung aber freigesprochen. In Köln schloss er sich dem Widerstand des Ketteler-Kreises an, in dem mit Johannes Albers, Karl Arnold, Andreas Hermes und Jakob Kaiser spätere CDU-Politiker mitwirkten. Nach Kriegsende widmete sich Siemer dem Ausbau des Klosters Walberberg zur Begegnungsstätte und bot dort dem Gründerkreis der Kölner CDP die Möglichkeit zur Klausur. Sein Namensvorschlag „Christlich-Sozialistische Gemeinschaft“ für die neue Partei setzte sich nicht durch. Er resignierte, nachdem Konrad Adenauer das Parteiprogramm wesentlich veränderte und es ablehnte, soziale Forderungen aufzunehmen. Siemer war eher Pragmatiker, während sein Protegé Eberhard Welty die theoretischen Grundlagen lieferte. Beide beschränkten sich nach der Gründungsphase der Partei auf Beratung der Sozialausschüsse der CDA. Als Provinzial wurde Siemer 1946 abgewählt. Popularität erlangte der „weiße General“ durch seine Rundfunk- und Fernsehauftritte. Gemeinsam mit Welty gründete er 1946 „Die Neue Ordnung“.

Ulrich S. Soénius