Esto genera una serie de problemas relacionados a temas como factores económicos, tributación, regalías, transferencias y solvencia financiera. Los instrumentos legales existentes en materia de deslinde entre entidades territoriales, se concentran en la Ley 62 de 1939 y los decretos reglamentarios de la misma.
Sin embargo, su aplicación ha sido poco efectiva y los diferendos limítrofes no han podido resolverse por ausencia de instrumentos jurídicos. Para solventar este problema, fueron radicados en el Congreso de la República dos proyectos de ley, el proyecto 135 de 2009 Senado, junto con el proyecto 155 de 2009 Senado, los cuales por unidad de materia surtirán el trámite interno de manera conjunta.
El objetivo del proyecto es el establecimiento de los lineamientos jurídicos que regulen y permitan la solución de las diferencias limítrofes al interior del territorio nacional, a través de la definición clara y exacta de los límites geográficos que deben tener las entidades territoriales. El Congreso de la República tendrá las competencias para modificar los límites de los departamentos, distritos, municipios y entidades territoriales indígenas mientras el Instituto Geográfico Agustín Codazzi (IGAC) será responsable de hacer un exámen periódico de los límites de las entidades territoriales.
En caso de diferendo limítrofe una comisión integrada será consolidada por el gobernador o el alcalde para definir los límites e integrarlos en un acta de deslinde. Si dicha comisión no llega a un acuerdo en la identificación del límite del terreno, le corresponde a la Asamblea Departamental identificar los límites de municipios y el Ministerio del Interior en cooperación con el Senado de la República, designar una Comisión Accidental Demarcadora, para los límites de entidades territoriales indígenas, departamentos y distritos.
En la actualidad existen dos diferendos limítrofes: 1. Diferendo limítrofe entre el departamento del Meta y el departamento del Caquetá por el descubrimiento de un pozo petrolero. El Ministro del Interior y de Justicia ordenó al IGAC iniciar un proceso de deslinde y la Comisión de Ordenamiento Territorial del Senado (COT) deberá proponer la posible solución al litigio limítrofe; 2. Diferendo limítrofe entre los departamentos del Chocó y Antioquia por la creación de un nuevo municipio, que a juicio del departamento de Antioquia viola su frontera. El Congreso designó una Comisión Accidental Demarcadora del Senado para desmarcar el límite de los departamentos y así solucionar la disputa.