Da nur Mitglieder aus einer Fraktion diese Positionen bekleiden können, hatte sich die anfangs hohe Zahl der fraktionslosen Abgeordneten (122) bis zum 14. Juli auf 26 reduziert. Unter anderem geschah dies durch die Bildung zweier neuer euroskeptischer Gruppierungen: der von den britischen Tories gegründeten ECR (European Conservatives and Reformists) sowie der EFD (Europa der Freiheit und der Demokratie). Die unterschiedlichen Ämter mussten somit zwischen den sieben Fraktionen verteilt werden.

Keine Überraschung gab es bei der Wahl des Präsidenten zum Europaparlament: Der Kandidat der EVP, Jerzy Buzek, erreichte in geheimer Wahl mit 550 Stimmen eine breite Mehrheit über die Parteigrenzen hinweg. Neben seiner eigenen Partei wurde er von der Mehrheit der Sozialdemokraten (PASD /mit Ausnahme der französischen Sozialisten), der liberalen ALDE und aus den Reihen der Grünen unterstützt. Seine einzige Herausforderin, die Kandidatin der linken EUL/NGL-Gruppe, Eva-Britt Svensson konnte lediglich 89 Stimmen auf sich vereinigen. Buzek ist seit 2004 Europaabgeordneter und war von 1997-2001 polnischer Premierminister.

Im nächsten Schritt wurden die vierzehn Vizepräsidenten gewählt. Sie bilden gemeinsam mit dem Präsidenten das Präsidium, das Lenkungsorgan des Europaparlaments. Es ist sowohl für die Aufstellung des Halshaltsvoranschlags als auch für alle Verwaltungs- und Personalfragen des EP zuständig. Darüber hinaus ernennt es den Generalsekretär. Fünfzehn Kandidaten standen zur Wahl.

Direkt im ersten Wahlgang wurden mit der absoluten Mehrheit der abgegebenen Stimmen Gianni Pitella (PASD), Rodi Katsa-Tsagaropoulou (EVP) und Stavris Lambrinidis (PASD) gewählt.

Im dritten Wahlgang, in dem eine einfache Mehrheit genügte, konnten sich Miguel Angel Martinez Martinez, Dagmar Roth-Behrendt, Libor Roucek (alle PASD), Alejo Vidal-Quadras, Roberta Angelilli, Rainer Wieland, Pal Schmitt (alle EVP), Dianna Wallis, Silvana Koch-Mehrin (ALDE), die Grüne Isabelle Durant und der Brite Edward McMillan-Scott einen Sitz im Präsidium sichern.

Mc-Millan Scott war mit Hilfe einer von 40 Abgeordneten unterstützen individuellen Kandidatur gegen den Vorschlag seiner eigenen ECR-Fraktion, den polnischen PiS-Abgeordneten Michal Tomasz Kaminski, angetreten. Dieser landete im dritten Wahlgang knapp hinter der Deutschen Koch-Mehrin und schied damit aus. Letztere hatte sich durch ihre Kollegenschelte, aber auch aufgrund ihrer geringen Präsenz im Parlament in der vorangegangenen Legislaturperiode den Unmut zahlreicher Abgeordneten zugezogen. In den ersten Wahlgängen lag sie mehr als 30 Stimmen hinter Kaminski. Letztlich beließ man es aber bei einem Denkzettel: in der letzten Runde erhielt sie schließlich 12 Stimmen mehr als der polnische Konkurrent.

Schwerwiegende Folgen hatte der Bruch der Fraktionsdisziplin für McMillan-Scott selbst und die britischen Konservativen: Der Renegade McMillan-Scott wurde in einer nächtlichen Sitzung aus der Fraktion ausgeschlossen. Dadurch verringerte sich die Fraktionsstärke um einen Sitz, was gleich bedeutend mit dem Verlust des Anspruchs auf einen (Unter-) Ausschussvorsitz war. Zudem überließ der für diese Funktion ursprünglich vorgesehene Timothy Kirkhope dem unterlegenen Kaminski den Fraktionsvorsitz, um die aufgebrachte polnische Gruppe in der ECR zu besänftigen. Angesichts dieses holprigen Starts haben sich die langfristigen Überlebenschancen für die ECR-Gruppe sicherlich nicht verbessert.

Mehr Kandidaten als Posten gab es auch bei der Wahl der fünf Quästoren. Diese nehmen Finanz- und Verwaltungsaufgaben war, welche die Abgeordneten direkt betreffen Zudem sind die Quästoren auch Mitglieder des Präsidiums, wenn auch nur mit beratender Stimme. Direkt im ersten Wahlgang wurden die polnische Sozialistin Lidia Joanna Geringer de Oedenberg (398) sowie Joe Higgins (352, EVP) gewählt. Dieser starke Rückhalt für den Iren Higgins bei der Wahl ist wohl als Signal der Abgeordneten für die Abstimmung über den Lissabon-Vertrag in Irland am 2.Oktober zu verstehen. Auf die Verteilung der übrigen drei Plätze mussten die Kandidaten bis zum dritten Wahlgang warten, bei der die einfache Mehrheit der Stimmen reichte: Letztlich wurde die luxemburgische EVP-Abgeordnete Astrid Lulling in das Amt wiedergewählt und auch der tschechische Abgeordnete Jiri Mastalka (EUL / NGL) und Bill Newton Dunn (ALDE) wurden gewählt. Mit 22 Stimmen Rückstand auf Newton Dunn verpasste die niederländische EVP-Abgeordnete Ria Oomen-Ruijten den Sprung. Auch sie hatte eine Kandidatur ohne offizielle Nominierung durch ihre Fraktion (EVP) durchgesetzt. Der britische ECR-Abgeordnete Jack Nicholson verpasste seine Wiederwahl. In der letzten Legislaturperiode hatte er noch als EVP-Mitglied erfolgreich für das Amt kandidiert. Der italienische EFD-Kandidat Speroni wurde ebenfalls nicht gewählt.

Im dritten Schritt ging es um die Verteilung und Zusammensetzung der Parlamentsausschüsse sowie die Wahl der Vorsitzenden und ihrer Stellvertreter. Wie in der 6. Wahlperiode bleibt die Zahl der Ausschüsse im neuen Europaparlament konstant bei 20. Hinzu kommen die beiden in der letzten Legislaturperiode eingesetzten Unterausschüsse des Auswärtigen Ausschusses. Angesichts der Finanzkrise hat das Parlament zusätzlich einen nicht-ständigen Ausschuss beschlossen, der die Krise, ihre Ursachen und Konsequenzen analysieren sowie Vorschläge für eine koordinierte europäische Strategie zu deren Bewältigung vorlegen soll. Insgesamt kommt das Parlament dabei auf 23 Ausschüsse Auch die Zuständigkeiten haben sich bis auf eine Änderung im Vergleich zu 2004 nicht geändert. Die Verteilung der Vorsitze zwischen den Fraktionen erfolgt nach dem d’Hondt -Verfahren und richtet sich nach der Anzahl der Sitze im EP. Das d’Hondt -Verfahren bevorzugt tendenziell größere Fraktionen.

Innerhalb der Fraktionen werden die Ausschussvorsitze je nach Stärke zwischen den einzelnen nationalen Delegationen verteilt. Somit stellt die EVP neun Ausschussvorsitzende, die sozialdemokratische PASD sechs, die liberale ALDE drei (den nicht-ständigen Ausschuss mit eingerechnet), die Grünen zwei, die ECR, die EUL/NGL und die EFD je einen.

Die Ausschüsse sind in ihrer Größe und ihrer Bedeutung verschieden. So gibt es Ausschüsse, die ein besonderes politisches Prestige haben, wie der Auswärtige Ausschuss und der Konstitutionelle Ausschuss. Andere sind aufgrund ihrer umfassenden Gesetzgebungskompetenz von großer Bedeutung, wie der Industrie-, der Binnenmarkt- oder der Rechtsausschuss. Eine Besonderheit stellen die vier so genannten neutralisierten Ausschüsse (Fischerei, Haushaltskontrolle, Frauen- und Gleichstellungsausschuss, Petitionsausschuss) dar, in denen ein Abgeordneter Vollmitglied sein kann ohne seine Chancen auf die Mitgliedschaft in einem anderen Komitee aufs Spiel zu setzen. Gleichwohl gibt es Bemühungen, diese Ausschüsse zu de-neutralisieren, sie also entweder zu „vollwertigen“ Ausschüssen umzugestalten, oder aber zu horizontalen Ausschüssen zu reduzieren. Weitere Reformen könnten während der Legislaturperiode auch bei der Anzahl und dem Zuständigkeitsbereich der Ausschüsse anstehen.

Der Zugriff auf den Vorsitz der Ausschüsse wird von den Fraktionsvorsitzenden nach Absprache mit den nationalen Delegationsleitern ausgehandelt. Die EVP hat sich neben dem prestigeträchtigen Auswärtigen Ausschuss (Vorsitz Gabriele Albertini, Italien) und dem Unterausschuss Sicherheit- und Verteidigung (Arnaud Danjean, Frankreich) für den mächtigen Industrieausschuss (Herbert Reul, Deutschland), den Rechtsausschuss (Klaus Heiner Lehne, Deutschland) und den Ausschuss für konstitutionelle Fragen (Carlo Casini, Italien) entschieden. Durch den Vorsitz im Haushaltsausschuss (Alain Lamassoure, Frankreich) und Regionalausschuss (Danuta Hübner, Polen) sichert sie sich auch besseren Zugang über die Verwendung der Mittel der EU. Weitere Ausschüsse in EVP-Hand sind der Kulturausschuss (Doris Pack, Deutschland) sowie der Fischereiausschuss (Carmen Fraga, Spanien).

Die Präferenz der Sozialisten lag im Bereich Soziales (Pervenche Berès, Frankreich), Umwelt (Jo Leinen, Deutschland), Bürgerliche Freiheiten, Justiz und Inneres (Fernando Lopez Aguilar, Spanien), Verkehr (Brian Simpson), Landwirtschaft (Paolo de Castro, Italien), und Handel (Vital Moreira, Portugal).

Die Liberalen konnten sich den Ausschuss für Wirtschaft und Währung sichern, mit der umstrittenen Britin Sharon Bowles an der Spitze, den Haushaltskontrollausschuss sowie den temporären Ausschuss zur Finanzkrise, dem der Deutsche Wolf Klinz vorsitzen soll.

Der wichtige Binnenmarktausschuss ging an die ECR unter dem britischen Konservativen Malcom Harbour. Die Grünen „ergriffen“ den Entwicklungsausschuss und werden voraussichtlich auch den Menschenrechtsausschuss für sich gewinnen. Während die Europäische Linke mit der unterlegenen Präsidentschaftskandidaten Eva-Britt Svensson den Gleichstellungsausschuss erhielt, wurde der Petitionsausschuss den euroskeptischen Hardlinern von der EFD gewährt.

Neben den Vorsitzenden und ihren Stellvertretern sind die entscheidenden Akteure in den Ausschüssen die jeweiligen Koordinatoren der Fraktion. Die sieben deutschen Koordinatoren sind Elmar Brok (CDU, Außen), Daniel Caspary (CDU, Handel), Albert Dess (CSU, Landwirtschaft), Michael Gahler (CDU, Sicherheit und Verteidigung), Ingeborg Gräßle (CDU, Haushaltskontrolle), Peter Liese (CDU, Gesundheit) sowie Andreas Schwab (CDU, Binnenmarkt).

Schließlich gehört die Leitung von hochrangigen Delegationen zu den begehrten Ämtern im Parlament. Der frühere Vorsitzende des Auswäritgen Ausschusses Elmar Brok soll Leiter der US-Delegation werden, Werner Langen wird die ASEAN-Delegation führen. Die ehemalige Vorsitzende des ITRE-Ausschusses, Angelika Niebler übernimmt die Delegation zu den Golfstaaten. Die Korea-Delegation soll künftig Christian Ehler leiten und Michael Gahler, ist vorgesehen, den Vorsitz der Delegation für die Beziehungen zum panafrikanischen Parlament zu übernehmen.

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