Am 16. Oktober bekräftigte Sánchez de Lozada in internationalen Interviews nochmals seine Absicht, im Amt zu bleiben. Die Proteste weiteten sich am selben Tag deutlich aus. Unzufriedene Bürger der Mittelschicht, Vertreter von kirchlichen und Menschenrechtsgruppen, Intellektuelle und Künstler schlossen sich der Protestwelle an. Rund 700 Personen traten in verschiedenen Städten des Landes in den Hungerstreik.

Am Freitagmorgen verkündete der Koalitionspartner NFR den Ausstieg aus der Regierung. Damit war eine entscheidende Weiche gestellt. Inzwischen waren Gesandte der Staatspräsidenten von Brasilien und Argentinien zur Vermittlung in der Staatskrise Boliviens eingetroffen.

Am Nachmittag sickerte durch, daß Sánchez de Lozada noch am selben Tag zurücktreten würde. Der Präsident übermittelte sein Rücktrittsgesuch an das Parlament, wo es am Abend verlesen werden sollte, und begann gleichzeitig, seine Flucht aus dem Land in die Wege zu leiten aus Sorge vor einer möglichen Anklage. In Begleitung von Familienangehörigen und drei Ministern, Yerko Kukoc, Innenminister, Carlos Sánchez Berzaín, Verteidigungsminister, und Javier Torres Goitia, Gesundheitsminister, ließ er sich mit Hubschraubern aus La Paz ausfliegen und bestieg am Abend in Santa Cruz ein Flugzeug mit Ziel Miami.

Der Kongress nahm am späten Abend das Rücktrittsgesuch des Präsidenten an. Sánchez de Lozada wies in seinem Schreiben nochmals auf den anti-demokratischen Druck aus Gewerkschafts- und Drogenhandelskreisen hin und äußerte, daß er nicht glaube, daß mit seinem erzwungenen Rücktritt die Probleme des Landes gelöst seien. Carlos Mesa, bis dahin Vizepräsident, trat verfassungsgemäß die Nachfolge an. In seiner Antrittsrede kündigte der parteilose Journalist, Politologe und Historiker die Erledigung der drängendsten Aufgaben an: die Durchführung einer Volksabstimmung (nicht mehr nur einer Befragung) zu den Gasvorkommen, die Revision des Gesetzes zu Rohstoffvorkommen und die Einführung einer verfassungsgebenden Versammlung. Er rief zur nationalen Einheit im gespaltenen Bolivien auf (das Department Tarija, in dem die größten Gasvorkommen zu finden sind, drängt z.B. aus Gründen der wirtschaftlichen Entwicklung auf den Gasexport) und kündigte die Zusammenstellung eines Kabinetts aus parteiunabhängigen Ministern an. In Abstimmung mit dem Parlament wolle er, nach einer Zeit des Übergangs und der Erledigung der wichtigsten Aufgaben, Neuwahlen ausrufen.

Aus den Parteien MAS und MIP wurde Unterstützung signalisiet, aber auch abwartende Haltung deutlich. Man werde den neuen Präsidenten an der Erfüllung seiner Versprechen messen. Die Blockaden wurden am Wochendende aufgehoben, die Versorgungslage normalisiert sich wieder.

Carlos Mesa übernimmt nun als Unabhängiger wie ein Krisenmanager die zeitweilige Führung in einem maroden Unternehmen mit dem selbstgestellten Auftrag, die drängenden Probleme anzugehen, die von seinen Vorgängern nicht gelöst wurden. Unterstützen lassen will er sich von ebenfalls parteiunabhängigen Ministern. Dies ist deutlicher Ausdruck des Mißtrauens gegenüber Parteien, die sich stärker von der Logik der Ämterpatronage als von den Interessen des Landes haben leiten lassen. Gleichzeitig nimmt der neue Präsident aber die Vertreter der Parteien im Parlament in die Verantwortung: er benötige ihre Unterstützung um das Land aus der Krise zu führen.