Die Regierungsmehrheit unter den Abgeordneten wischte damit letzte bürokratische und politische Bedenken vom Tisch. Die als Beratungsorgan der Regierung in Universitätsfragen zuständige Akkreditierungskommission konnte sich aus formellen Gründen nicht zu einer positiven Empfehlung für die Universitätsgründung durchringen. Deshalb wurde die Kommission mit dem nunmehrigen Parlamentsbeschluss einfach übergangen, um den Start der Universität nicht noch weiter zu verzögern. Denn die ungarische Universität sei schließlich „im Regierungsprogramm vorgesehen", erklärte Bildungsminister Martin Fronc (KDH).

Gegen die neue Universität stemmte sich der Großteil der Opposition. Die „Bewegung für eine Demokratische Slowakei" (HZDS) von Expremier Vladimír Mečiar kündigte eine Klage beim Verfassungsgericht an: Es könne nicht zulässig sein, die Kenntnis der ungarischen Sprache zur Aufnahmevoraussetzung an die neue Universität zu machen. Ungarisch werde damit als Unterrichtssprache gegenüber der offiziellen Staatssprache Slowakisch verfassungswidrig bevorzugt.

Die HZDS warnte schon in der Vergangenheit mehrfach vor einer angeblich drohenden „Magyarisierung“ der Südslowakei. Die Kommunisten wiesen in der Parlamentsdebatte darauf hin, dass es „in Ungarn auch keine slowakische Universität“ gebe.