Kikwete setzte sich in einem mehrstufigen Auswahlverfahren durch. Von den ursprünglich 11 Bewerbern sortierte das Zentralkomitee der Partei am 2. Mai 5 Bewerber aus:

• Dr. Salim Ahmed Salim, den Vorsitzenden der prestigereichen Mwalimu Nyerere Stiftung und ehemaligen Generalsekretär der Organisation für Afrikanische Einheit (OAU), jetzt Afrikanische Union (AU),
• Prof. Mark Mwandosya, den Abgeordneten für den Wahlkreis Sengerema,
• Jakaya Mrisho Kikwete, den Minister für Äußeres und Internationale Kooperation,
• Frederick Sumaye, den amtierenden Premierminister,
• Dr. Abdallah Kigoda, den Staatsminister im Präsidialamt für Privatisierung und Planung.

• Jakaya Kikwete - 78 Stimmen
• Salim Ahmed Salim - 45 Stimmen
• Mark Mwandosya - 33 Stimmen

• Kikwete - 1.072 Stimmen
• Dr. Salim - 476 Stimmen
• Prof. Mwandosya - 122 Stimmen

Kikwete hatte sich bereits 1995 um die Präsidentschaft beworben, unterlag aber knapp in der Parteinominierung dem damaligen Informationsminister Benjamin Mkapa. Mkapa hatte damals die Rückendeckung des Alt-Präsidenten Nyerere und die Stimmen der sansibarischen Delgierten. Kikwete gilt als Vertreter der jungen Generation. Seine Amtsführung als Minister wurde allerdings gelegentlich kritisiert.