Bis Ministerpräsident Zeman Anfang des Jahres 2001 Stoiber in München traf, um mit ihm über Investitionsvorhaben des Automobilkonzerns BMW in Böhmen zu sprechen, gab es keine politischen Kontakte auf höchster Ebene zwischen Bayern und Tschechien. Einzig Staatspräsident Vaclav Havel stattete Edmund Stoiber im Mai 2000 einen Besuch ab.

Die tschechische Presseagentur CTK unterstrich in einer ersten Reaktion, dass Edmund Stoiber in der tschechischen Öffentlichkeit als "Interessenverwalter der Vertriebenen aus der Tschechoslowakei und Polen" bekannt sei. Stoiber habe sich zudem am nachdrücklichsten für die Rechte der Sudetendeutschen eingesetzt.

Die Tageszeitung "Lidove noviny" kommentierte die Kandidatur Stoibers weniger auf Tschechien bezogen, sondern eher mit dem Blick von außen. Die LN betont, dass die Nominierung von Stoiber das Messen zweier gleichwertiger Partner miteinander für Deutschland bedeuten würde, wodurch auch der Wahlkampf spannender würde. Auch klingt in dem Beitrag der "Lidove noviny" Respekt gegenüber Bayerns Ministerpräsident durch, der "kein gewöhnlicher Oppositionspolitiker" sei, weil er "mit absoluter Mehrheit gewählt, über Regierungserfahrung" verfüge und zudem die "Unterstützung der Wählerschaft in einem der erfolgreichsten Bundesländer" hätte.

Der Kommentar schließt mit den Worten: "Schröder und Stoiber wissen, dass die Wahlen in der politischen Mitte gewonnen werden. Sie werden sich deshalb - der eine von links, der andere von rechts - bemühen, aus der angenommenen Mitte das größte Stück zu reißen", so die "Lidove noviny".

Unter den Politikern werden sowohl Ablehnung als auch Freude über Stoibers Kanzlerkandidatur laut. In einer Umfrage der "Prager Zeitung" äußerte Frantisek Brozik (CSSD), stellvertretender Parlamentspräsident, er hoffe, dass Stoiber scheitern werde. Der gewählte Vertreter der Grenzregion Cheb vermutet, dass die sudetendeutsche Landsmannschaft mit Stoibers Einzug in das Kanzleramt an Gewicht gewinnen könne. Er befürchtet, dass die sudetendeutsche Landsmannschaft wieder zweisprachige Ortstafeln fordern werde. Das sei, so Brozik, wenig zuträglich für die deutsch-tschechischen Beziehungen.

Auch der Vorsitzende der kommunistischen Partei (KSCM), Miloslav Ransdorf, lehnt Stoiber als Kandidaten ab. Er sieht Parallelen zwischen der FPÖ und der CSU. Beiden Parteien wirft er Nationalismus sowie Misstrauen gegenüber ihren Nachbarn vor.

Freude über die Kanzlerkandidatur von Stoiber hingegen zeigte Cyril Svoboda, Vorsitzender der tschechischen Christdemokraten (KDU-CSL). Mit Stoiber verbindet er den wirtschaftlichen Erfolg Bayerns und hofft auf die Stärkung der christlichen Demokraten. Die sudetendeutsche Frage sieht Svoboda ohnehin als regional eingegrenzt an, als dominierendes Thema für Deutschland kann er sich diese Problematik nicht vorstellen.

Keine Antwort gab der ODS-Abgeordnete Ivan Langer. Er lehnte eine Stellungnahme gänzlich ab, mit dem Argument, dass er auch nicht möchte, dass tschechische Politiker von außen kommentiert würden.