Jan Philipp Wölbern studierte Geschichte, Politikwissenschaft und Englisch für das Lehramt in Marburg, Freiburg und Sheffield. Gefördert durch ein Promotionsstipendium der KAS wurde er 2013 mit einer Dissertation zum Thema „Der Häftlingsfreikauf aus der DDR, 1962/63-1989. Zwischen Menschenhandel und humanitären Aktionen“ an der Universität Potsdam promoviert. Nach dem 2. Staatsexamen arbeitete er von 2014 bis 2016 als Wiss. Mitarbeiter am Zentrum für Zeithistorische Forschung Potsdam (ZZF). Dort leitete er ein Forschungsprojekt zum Thema Haftzwangsarbeit in der DDR und war anschließend in einem Kooperationsprojekt des ZZF und des Instituts für Zeitgeschichte München-Berlin (IfZ) zur Nachkriegsgeschichte des Bundesinnenministeriums tätig. Ab Mitte 2016 bis 2020 war er als Wissenschaftlicher Mitarbeiter in der Abteilung Zeitgeschichte in Berlin tätig.
Seit 2020 ist er Referent für Osteuropa der Abteilung EIZ.